摘要：采用RAD-seq(Restriction-site associated DNA sequencing)對印尼虎魚(Datnioides pulcher)進(jìn)行簡化基因組測序,獲得13308 806個高質(zhì)量干凈讀長(HQ clean reads),利用SSR搜索軟件在所得序列中共檢測到26359個SSR位點(diǎn),由496種重復(fù)基序組成,主要分布在三、四、五堿基重復(fù)類型中,單堿基重復(fù)序列中最多的類型為A/T,二堿基重復(fù)序列中以AC/GT和AG/GT重復(fù)單元為主,三堿基重復(fù)序列中以AGG/CCT、AGC/CTG、AGG/CCT為優(yōu)勢類型;在數(shù)量上,二堿基重復(fù)類型SSR位點(diǎn)最多(19492個),占總SSR位點(diǎn)的73.95%;除了單核苷酸類型外,SSR基序的重復(fù)次數(shù)主要集中在4-9之間,多態(tài)性SSR數(shù)目為2 783個。根據(jù)SSR位點(diǎn)兩翼序列,利用Primer5.0成功設(shè)計出20 066對SSR引物,引物設(shè)計成功率為76.13%,依據(jù)測序數(shù)據(jù)中的重復(fù)類型和重復(fù)數(shù),隨機(jī)選擇100個二至五堿基重復(fù)類型SSR在6個虎魚樣本中驗證其可用性和多態(tài)性,有73對引物通過擴(kuò)增可獲得有效目的片段,其中20個SSR驗證為具有多態(tài)性。開發(fā)所得SSR序列可用于印尼虎魚及其近緣物種遺傳分析、遺傳圖譜構(gòu)建以及分子標(biāo)記輔助育種等工作,同時也證實了利用簡化基因組測序技術(shù)開發(fā)SSR標(biāo)記和發(fā)現(xiàn)樣品間具有多態(tài)性的SSR標(biāo)記的可能性。